ホームディレクトリとは、ユーザーごとに用意されたサーバー上の保管領域のことをいいます。

レンタルサーバーだと、管理画面からバックアップを行うときに、ホームディレクトリでのバックアップを選択する場面が出てきますが、

ホームディレクトリのバックアップを取ると、サイト内の基本的なデータをまとめてバックアップすることができます。

ただし、WP（ワードプレス）などのMySQLデータベースを使うCMSを利用しているのであれば、別でWPのデータをバックアップで保管しておく必要があります。